Doch erst zwischen 1520 und 1530 begann die Besiedlung von Honduras durch die Spanier. Honduras gehörte dann zum Generalkonsulat Guatemala. Erst am 15. September 1821 erklärten die spanischen Provinzen (auch Honduras) die Unabhängigkeit von Spanien. Den Ruf einer typischen Banananrepublik erhielt Honduras erst Anfang dieses Jahrhunderts als große amerikanische Firmen ein Zehntel der landwirtschaftlichen Fläche des Landes besaßen und Bananen anbauten. Diese Bananenfirman übernahmen durch ihre Finanzkraft die Gewalt im Lande. Die Schaffung eines modernen Staatsapparates, wie es viele gut gewillte Politiker in diesen Jahren versuchten, war unter diesen Umständen nicht durchführbar.
Ende der 40er Jahre brachen die Diktaturen aller zentralamerikanischen Staaten zusammen. Die gesellschaftliche Entwicklung wurde durch das Erstarken der Gewerkschaften vorangetrieben. Dies machte 1957 eine erste Reformregierung unter Ramon Morales möglich. Der sogenannte "Fußballkrieg" zwischen El Salvator und Honduras brachte dem Lande 1969 eine traurige Berühmtheit ein. Heute ist die Demokratie aber gefestigt. Trotzdem ist das Land eines der ärmsten Mittelamerikas mit über 30% Analphabeten in der Bevölkerung.